Прошло восемьдесят лет после того, как первая Космическая Война изменила жизнь и землян, и расы Зентреди. И те, и другие теперь мирно сосуществуют на Земле, установив новое общество, а прежний конфликт остался в далёком прошлом. Но внезапно появляется новая угроза - инопланетная цивилизация Мардук, чьи боевые корабли приближаются к Земле. В своё время земляне успешно применяли против Зентреди атаку песнями Минмэй, но новые противники обладают своей сиреной - зентредийской принцессой Иштар, чьё пение многократно усиливает боевые способности кораблей агрессоров.

Крупный телеканал SNN поручает молодому способному репортёру Хибики Кандзаки освещать первую битву с флотом Мардука, обернувшуюся для земных сил разгромом. Маневрируя между сражающимися звездолётами, Хибики наталкивается на красавицу Иштар, которую он извлекает из повреждённого вражеского корабля и забирает на Землю, где между двумя вспыхивает сильное чувство. С помощью лучшей военной лётчицы Сильвии Хибики и Иштар должны спасти Землю от полного уничтожения армией Мардука, убедив военное командование снова реактивировать бездействующую Гиперпространственную крепость Макросс.