Група вчених в Сан-Франциско бореться, щоб залишитися в живих після чуми, яка майже знищила людство, в той час як Цезар намагається зберегти панування над його спільнотою розумних мавп. Дія відбувається через 15 років після подій, показаних в оригінальному фільмі. Люди поховалися, віддавши свою долю в руки вчених, які шукають рішення проблеми, поки інші борються за виживання.