Дія серіалу відбувається в світі альтернативного середньовіччя. У цьому світі люди воюють з перевертнями — Йома (妖魔), що харчуються людським м'ясом. Приймаючи подобу своїх жертв, йома можуть ховатися серед людей. Окрім того, з'ївши мозок людини, чудовисько може оволодіти його спогадами, стаючи, таким чином, практично невідмітним від нього.
З метою боротьби з йома безіменна таємна Організація створила орден могутніх воїнів, що отримали прізвисько «клеймор» через свої величезні дворучні мечі. Процес створення клеймор має на увазі введення в людський організм крові і плоті йома. В результаті на світ з'являються напівлюди-напівмонстри, які сильніші та частенько розумніші чистокровних йома. Ці напівкровки здатні відчувати йома, що прийняв людський вигляд.
Місто, чиє населення страждає від набігів йома, може направити запит в Організацію з проханням убити монстрів, що орудують на його території. Прийнявши запит, Організація посилає туди клеймор, і в разі успішного вбивства йома представник Організації забирає у городян плату.
Кожна клеймор набуває здатності використовувати силу йома для перетворень і інших надприродних дій. Використовуючи силу йома, клеймор поступово втрачає свою людську природу і може перетворитися на чудовисько страшніше за будь-яке звичайне йома. Цей процес називається Пробудженням (Kakusei — 覚醒). Як правило, клеймор віддає перевагу смерті над Пробудженням; для цього вона посилає одному зі своїх соратників так звану Чорну Карту — прохання про смерть. Якщо ж клеймор прокидається, вона втрачає останні залишки людяності і перетворюється на хижака, що володіє розумом, але бажає лише вбивати.